以杂交方法培育优良品种，或利用杂种优势称为杂交育种。杂交可以使生物的遗传物质从一个群体转移到另一群体，是增加生物变异性的一个重要方法。
不同类型的亲本进行杂交可以获得变异性状的重新组合，杂交后代中可能出现双亲优良性状的组合，甚至出现超亲代的优良性状(例如，方正银鲫与九江红鲤杂交)，当然也可能出现双亲的优势不明显性状组合，或双亲所没有的劣势性状(例鳙鱼与白鲢的杂交)。
育种过程就是要在杂交后代反复类型中选出符合育种目标的个体进一步培育，甚至获得优良性状稳定的新品种。
杂交可以使杂交种后代增加变异性和异质性，综合双亲的优良性状，产生某些双亲所没有的新性状，使后代获得较大的遗传改良，出现可利用的杂种优势，并在鱼类的品种改良和生产中发挥出巨大作用，是鱼类育种的基本途径之一，也是为培育出优质鱼种有效措施。
鱼的交配受精：自然产卵就是在亲鱼发情期，雄鱼会紧紧的跟在雌鱼后面或急或慢的游动，并不时的用尾巴或头部挑逗雌鱼。随着效应时间的临近，亲鱼的发情会达到高峰，这时的雄鱼会更加兴奋，用头顶雌鱼腹部，使雌鱼侧卧与水面。
在杂交育种中应用最为普遍的品种间杂交(指两个品种间的杂交)。其次是远缘杂交(不同种、属个体间似的杂交)。
实践表明：品种间杂交，像鲢、鳙鱼杂交在生产领域中不能推广应用，关键是杂交后组合性状不稳定所造成的。
性状是不是优良性状，从一龄鱼种养殖生长速度、饵料系数与鲢、鳙鱼比较没什么差异，但二龄生长期中就有明显的差异，生长速度缓慢、个体较小，鱼和鱼怎么配对图片，严重影。由此可见，并非所有的杂交都能创造出好品种。
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如 孔雀鱼。 3、胎生一些板鳃鱼类的胚体与母体有血液循环上的联系，胚胎发育所需的营养不仅靠本身的卵黄，而且也依靠母体来供给。胚胎发育所在的输卵管壁上有一些突起与胚体连接，形成类似胎盘的构造，母体就是通过这一构造将。
杂交种质优势是指两个遗传组成不同的亲本杂交产生的杂种第一代，在生长势、生活力、繁殖力、抗逆性、产量和品质上比其双亲优越的现象。
杂交种质优势是许多性状综合表现突出，杂交种质优势大小往往取决于双亲性状间的相对差异和相互补充。一般而言，亲缘关系、生态类型和生理特性上差异越大，双亲间相对性状的优缺点能彼此互补；其杂种优势越强，双亲的纯合程度越高，越能获得整齐一致的杂种优势。
精卵结合后在其体内孵化。大多数鱼是体外受精的，尤其是常见的淡水观赏鱼。但鲨鱼是有外生殖器的，鲨鱼的交配属于比较高级的。虽然很多鱼都是体外受精，但是，鱼类仍然有求偶的表现，并且不是随便产卵和排精的 。
杂交种质优势往往表现于有经济意义的性状，因而通常将产生和利用杂种优势的杂交称为经济杂交。目前，鱼类杂交育种应用的最多的即是经济杂交，以子二代开始逐渐衰退，如果再让子二代自交或继续，让其各代自由交配，结果将是杂合性逐渐降低，杂种优势趋向衰退甚至消亡。
目前，在淡水渔业生产上，杂交种质优势的利用已成为提高产量和改进品质的重要措施之一。目前经过国家良种审定委员会审定的杂交种质的鲤科、荷元鲤[荷包红鲤(雌)×元江鲤(雄)]、丰鲤［兴国经鲤(雌)×散鳞镜鲤(雄)]、芙蓉鲤［散鳞镜鲤(雌)×兴国红鲤(雄)]等杂交种质的利用可以带来巨大的经济效益，如异育银鲫，仅生长速度比亲本快很多，而且抗逆性强、抗病能力强、成活率高、养殖产量高、品质优等经济优势。
一般来说，发情季节，鱼群集游，雌雄鱼互相追逐、摩擦身体，然后雌鱼排卵于水中，雄鱼排精于水中，水中受精。各种鱼卵有沉性、浮性、漂流、粘着等不一，在水中发育成鱼苗
选择亲本是关键，首先要尽可能选用综合性状好、优点多、缺点少或优良性状能互补的亲本，同时也要注意选用生态类型差异较大，亲缘关系较远的亲本杂交，如异育银鲫是中国科学院(生物研究所)最早是以黑龙江省的方正县双风水库天然雌核发育的方正银鲫为母本，江西省兴国红鲤为杂交获得的异精三倍体雌核发育的子代，生长速度具有明显优势。
通常采用的杂交方式是亲本确定以后，采用什么杂交组合方式直接关系育种的成败，通常采用的有单交、复合杂交、回交等杂交方式。
两个品种间杂交(单交)用x×y表示，其杂交种质后代成为一代杂种，例如方正银鲫(雌)×兴国红鲤(雄)杂交的种质。由于简单易行，好操作，所以生产上应用最广，一般主要是利用杂交种质第一代，如异育银鲫、荷元鲤。
两个以上的品种，经两次以上杂交的育种方法。如果单交不能实现育种所期待的性状要求时，往往就采用复合杂交，其目的在于创造一些具有丰富遗传基础的杂种原始群体，才可能从中选出更优秀的个体。
复合杂交可分为三交、双交等。三交是一个单交种与另一品种的再杂交，可以表示为(x×y)×y。例如，(荷包红鲤×元江鲤)×散鳞镜鲤＝三交鲤；双交是两个不同的单交种的杂交，可表示为(a×b)×(c×d)或(a×c)×(b×c)。例如，(角罗非×尼罗非鱼)×(莫桑比克非鱼×尼罗非鱼)。
从杂交到新品种育成与推广，往往需要经过10个世代的时间，因而加速育种进程很有必要。可采用异地加代，也可以进行温室和人工气候至加代，所需育种基地规模不大时，采用此法即能加速育种进程。
采用群体选择法时，一般子五代之前不进行个体选择，只进行群体选择并混养。在子五代至于八代开始进行个体选配，建立家系和确定品种，真正选配优良性状新品种为生产无公害鱼类奠定良好基础。
