卢梭与《百科全书》的决裂与他的三部主要作品的创作同时发生，在这三部作品中，他都强调了他对人类灵魂和宇宙的精神起源的狂热信仰，这与狄德罗、拉梅特里和德霍尔巴赫的唯物主义形成了鲜明的对比。
在这一时期，卢梭得到了查理二世(François Frédéric de Montmorency-Luxembourg)和德孔蒂亲王(Prince de Conti)的支持和庇护，这两位是法国最富有、最有权势的贵族。
这些人真的很喜欢卢梭，喜欢他谈论任何话题的能力，但他们也利用他来报复路易十五及其情妇蓬帕杜夫人周围的政治派别。然而，即使是在他们中间，卢梭也走得太远了，当他批评他们中的一些人从事的税收耕作的做法时，遭到了拒绝。
卢梭的800页情感小说《朱莉：新爱洛伊斯 》于1761年出版，获得巨大成功。这本书对瑞士乡村自然美的狂热描述引起了公众的共鸣，可能也在一定程度上引发了19世纪对阿尔卑斯风景的狂热。
1762年4月，卢梭出版了《社会契约论》(Du Contrat Social，Principes Du droit politique)一书。就连他的朋友安托万-雅克·鲁斯坦也觉得有必要写一篇委婉的反驳《社会契约论》中关于公民宗教的一章，这一章暗示基督教共和国的概念是矛盾的，因为基督教教导的是服从，而不是参与公共事务。卢梭帮助鲁斯坦找到了一个出版商来反驳。
卢梭在五月出版了《爱弥尔》 (Emile，Or Treatise on Education)。《爱弥尔》中有一段著名的“萨瓦教区牧师的信仰表白”，旨在捍卫宗教信仰。卢梭选择了一位出身贫贱的农民出身的天主教牧师(似乎是基于他十几岁时遇到的一位和蔼可亲的教士)作为捍卫宗教的发言人，这在当时本身就是一项大胆的创新。牧师的信条是苏锡尼主义(或今天称为一神论)。因为它拒绝原罪和神的启示，新教和天主教当局都很生气。
此外，卢梭还主张，就引导人们走向美德而言，所有的宗教都是同样值得尊敬的，因此人们应该遵从自己所成长的宗教。这种宗教上的无差异导致卢梭和他的书在法国和日内瓦被禁。他被巴黎大主教从讲坛上宣判有罪，他的书籍被烧毁，他的逮捕令被发布。日内瓦的雅各布·凡尔纳(Jacob Vernes)等他以前的朋友无法接受他的观点，并撰写了激烈的反驳文章。
大卫·休谟是一位富有同情心的观察家，“当他得知卢梭的书在日内瓦和其他地方被禁时，他毫不惊讶”。他写道，卢梭“没有预防措施来掩盖自己的情绪；而且，既然他不屑于掩饰自己对既定观点的蔑视，他也就不奇怪所有的狂热者都拿武器反对他了。新闻自由在任何国家都没有这样的保障。这样公开攻击大众的偏见未免有些危险。”
伏尔泰和腓特烈大帝
在卢梭的爱弥尔激怒了法国议会后，议会对他发出了逮捕令，导致他逃到了瑞士。后来，瑞士当局也不同情他——谴责了《爱弥尔》和《社会契约论》——伏尔泰邀请卢梭来同他同住，评论说：“无论《萨瓦教区牧师的信仰表白》的作者过去做过什么，将来可能做什么，我都将永远热爱他……让他到这儿来(到弗尼来)!他必须来!我将张开双臂迎接他。我要把他当自己的儿子看待。”
卢梭后来对他没有答复伏尔泰的邀请表示遗憾。1762年7月，卢梭被告知他不能继续居住在伯尔尼，达朗贝尔建议他搬到纳沙泰尔(Neuchâtel)公国，由普鲁士腓特烈大帝统治。随后，卢梭接受了居住在莫蒂埃(Môtiers)的邀请，距离纳沙泰尔15英里。1762年7月11日，卢梭写信给弗雷德里克，描述他是如何被赶出法国、日内瓦和伯尔尼的；寻求弗雷德里克的保护。他还提到，他过去批评过弗雷德里克，今后也会继续批评弗雷德里克，但他说:“陛下可以随意处置我。”弗雷德里克还在“七年战争”中，他给他们共同的朋友，纳沙泰尔的地方长官马修·基斯(Marischal Keith)写信:
我们必须帮助这个可怜的不幸的人。他唯一的过错就是有一些他认为是好的奇怪的观点。我给你一百枚钱，你就好心地给他他所需要的。我想他会更容易接受实物，而不是现金。如果我们没有打仗，如果我们没有破产，我会给他建一座带花园的隐居之所，让他像我相信我们的祖先那样生活……我认为可怜的卢梭已经错过了他的职业；他显然生来就是一个著名的隐士，一个沙漠之父，以他的苦行和挥舞旗帜而闻名……我的结论是，你的野蛮人的道德和他的思想一样纯洁，是不合逻辑的。
逃亡
卢梭有两年多的时间(1762-1765年)住在莫蒂埃，主要从事阅读、写作和会见詹姆士·包斯威尔 (James Boswell)(1764年12月)等来访者。与此同时，当地的牧师们已经意识到他的一些著作中有叛教的成分，并决定不让他在附近逗留。纳沙泰尔教会召见卢梭，以回应亵渎神明的指控。他回信请求原谅，因为他的病使他不能坐很长一段时间。随后，卢梭自己的牧师弗雷德里克-纪尧姆·德·蒙莫林开始公开谴责他是反基督者。在一篇煽动性的布道中，蒙莫林引用了箴言15章8节的内容：“恶人献祭，为主所憎恶；正直人祈祷，为主所喜悦。”这被每个人解释为卢梭接受圣餐是上帝所憎恶的。
教会的攻击激怒了教区居民，当卢梭要出去散步时，他们就向他扔石头。1765年9月6日至7日午夜前后，有人向卢梭所住的房子投掷石块，一些玻璃被砸碎当当地官员马蒂内到达卢梭的住所时，他看到阳台上有很多石头，他惊呼“我的上帝，这是一个采石场!”此时，卢梭在莫蒂埃的朋友建议他离开小镇。
1740年5月，卢梭离开华伦夫人到里昂道路总监马布利家做家庭教师。三年后他在一位贵妇人的帮助下任法国驻威尼斯大使的秘书。卸任回到巴黎后，又从事了一段时间的音乐、戏剧和舞剧的创作，但是没有任何成就。1750年，卢梭写了。
由于卢梭想继续留在瑞士，他决定接受一个提议，搬到一个小岛，卢梭的生平简单介绍，圣皮埃尔岛，有一个孤独的房子。尽管它在伯尔尼州，两年前他从那里被驱逐，他被非正式地保证他可以搬进这个岛上的房子，而不用担心被捕，他这样做了(1765年9月10日)。
在这里，尽管他的隐居地很偏远，但游客们还是把他当成名人来找他。然而，在1765年10月17日，伯尔尼参议院命令卢梭在15天内离开伯尔尼岛和所有伯尔尼领土。
他答应把他关在他们所管辖的任何地方，只准许他持有几本书，并允许他在自己出钱的时候偶尔到花园里散散步。参议院的反应是指示卢梭在24小时内离开这个岛屿和所有伯尔尼领土。1765年10月29日，他离开了圣皮埃尔岛，搬到了斯特拉斯堡。
在这一点上，弗雷德里克邀请他去波茨坦，保利邀请他去科西嘉，圣兰伯特邀请他去洛林，雷伊出版社邀请他去阿姆斯特丹，大卫·休谟邀请他去英国。他后来决定接受休谟的邀请去英国。
回到巴黎
1765年12月9日，卢梭从法国政府获得了前往巴黎的护照，离开斯特拉斯堡前往巴黎，在那里他住了一个星期，住在他的朋友康迪王子的宫殿里。在这里，他遇到了休谟，也遇到了许多朋友和祝福他的人，他成了这座城市里一个非常引人注目的人物。当时，休谟写道:
这个国家支持卢梭的热情是无法表达或想象的。没有人喜欢受到他们的关注……伏尔泰和其他所有人都黯然失色。
当时有一个重要的会面：狄德罗想要与卢梭和解并赔罪。但是狄德罗和卢梭都希望对方主动，所以两人没有见面。
沃波尔的恶作剧
1766年1月1日，格林给他的客户写了一份报告，其中包括一封据说是弗雷德里克大帝写给卢梭的信。这封信实际上是霍勒斯·沃波尔写的，是一场恶作剧。
沃波尔从未见过卢梭，但他很熟悉狄德罗和格林。这封信很快得到了广泛的宣传；人们相信休谟当时在场，并参与了它的创作。
1712年6月28日,让·雅克·卢梭出生于日内瓦共和国,父亲依萨克·卢梭是新教教徒、钟表匠,母亲苏珊·卢梭,本名苏珊·贝尔纳,出生于牧师家庭。母亲在他出生后不久去世,之后,卢梭由姑姑抚养。 1722年,卢梭的父亲和人发生纠纷,逃往里昂避难。
1766年2月16日，休谟在给布拉班丹侯爵夫人的信中写道：“关于那封假装的普鲁士国王的信，我唯一允许自己开的玩笑是在奥索里勋爵的餐桌上写的。”这封信是后来休谟与卢梭关系破裂的原因之一。
在英国
1766年1月4日，卢梭和休谟、商人德鲁兹(卢梭的老朋友)以及卢梭的宠物狗苏丹一起离开了巴黎。在加来逗留了两天之后，他们登上了去多佛的船。1766年1月13日，他们到达伦敦。
让-雅克·卢梭（Jean-Jacques Rousseau，1712年6月28日－1778年7月2日）是瑞士裔法国思想家、作家、政治理论家。日内瓦的孤儿卢梭出生于瑞士日内瓦的一个钟表匠家庭，祖上是从法国流亡到瑞士的新教徒。他的母亲在他出生后就。
他们到达后不久，大卫·加里克在德鲁里巷剧院为休谟和卢梭安排了一个包厢，当晚国王和王后也出席了。加里克自己在一部喜剧中表演，也在伏尔泰的一部悲剧中表演。
卢梭在表演时太激动了，身子倾得太远，差点从包厢里掉出来；休谟注意到，国王和王后更多地是在看卢梭，而不是看表演。
之后，加里克为卢梭准备了晚餐，卢梭称赞加里克的演技：“先生，你让我为你的悲剧流泪，为你的喜剧微笑，虽然我几乎听不懂你的语言。”
在这个时候，休谟对卢梭有好感；休谟在给勃拉班丹夫人的一封信中写道，在仔细观察了卢梭之后，他断定自己从未见过比他更和蔼、更有道德的人。休谟认为，卢梭“温柔、谦逊、深情、无私、极度敏感”。
最初，休谟让卢梭住在伦敦亚当斯夫人的房子里，但卢梭的访客越来越多，以至于他很快就想搬到一个更安静的地方。有人邀请他住在威尔士的一个修道院，他打算接受，但休谟说服他搬到奇斯威克。卢梭现在要求特蕾莎重新加入他。
1762年,因出版《爱弥儿》,法国法院对卢梭发出逮捕令,查禁他的书。在《爱弥儿》出版之前的一段时间内,卢梭渐渐感到气氛不对,但他认为自己是正直无辜的,因而并不慌张。巴黎大主教毕蒙对《爱弥儿》发出禁令,接着,巴黎高等法院也发出禁令。
与此同时，当时在巴黎的詹姆斯·博斯韦尔(James Boswell)提出护送特蕾莎去见卢梭。(博斯韦尔早些时候曾在莫蒂埃见过卢梭和特蕾莎；随后，他还寄给特蕾莎一条石榴石项链，并写信给卢梭，请求允许他偶尔和她交流一下。)休谟预见到了即将发生的事情：“我担心发生什么事会损害我们朋友的名誉。”博斯韦尔和特蕾莎在一起超过一个星期，根据博斯韦尔日记的记载，他们完善了关系，发展到性关系。有一次，特蕾莎告诉博斯韦尔：“不要以为你是一个比卢梭更好的情人。”
由于卢梭渴望搬迁到一个更偏远的地方，理查德·达文波特，一个会说法语的富有的老鳏夫提出在斯塔福德郡的伍顿庄园为特蕾莎和卢梭提供住宿。1766年3月22日，卢梭和特蕾莎不顾休谟的建议，出发前往伍顿。休谟和卢梭再也不会见面了。最初，卢梭喜欢他在伍顿府的新住所，并对这个地方的自然美大加赞赏，以及他如何感觉重生，忘记了过去的悲伤。
与休谟的争论
1766年4月3日，一家日报刊登了这封信，这是霍勒斯·沃波尔对卢梭的恶作剧，但没有提到沃波尔是真正的作者；这封信的编辑是休谟的私人朋友，这加剧了卢梭的悲伤。渐渐地，批评卢梭的文章开始出现在英国的报刊上。卢梭认为休谟作为他的主人，应该为他辩护。此外，根据卢梭的估计，一些公众批评包含了只有休谟才知道的细节。此外，卢梭发现休谟曾在伦敦投宿于卢梭在日内瓦的敌人之子弗朗西斯·特隆钦，感到愤愤不已。
卢梭不高兴的另一个原因是他担心休谟可能会乱动他的邮件。误解的产生是因为卢梭厌倦了收到大量的信件，他不得不付邮费。休谟主动提出亲自打开卢梭的信件，并将重要的信件转交给卢梭；这个提议被接受了。然而，有一些证据表明，休谟甚至拦截了卢梭的外发邮件。
在与卢梭的一些通信之后，其中包括卢梭写的一封长达18页的信，描述了他怨恨的原因，休谟认为卢梭正在失去他的精神平衡。休谟得知卢梭曾向他的巴黎朋友告发过他，便把卢梭写给鲍夫勒夫人的长信抄了一份。她回复说，据她估计，休谟涉嫌参与霍勒斯·沃波尔的假信的创作，是卢梭愤怒的原因。
当休谟得知卢梭正在写《忏悔录》时，他认为目前的争论将会出现在书中。亚当·斯密、杜尔戈特、基思、霍勒斯·沃波尔和德·鲍夫勒夫人都建议休谟不要公开他与卢梭的争吵；然德霍尔巴赫的小圈子里的许多成员，尤其是让·勒·朗德·德·阿朗伯特，都敦促他透露自己对事件的看法。1766年10月，休谟关于这场争吵的版本被翻译成法语并在法国出版；11月在英国出版。格林把它包含在他的通信中。
最终，争论在日内瓦、阿姆斯特丹、柏林和圣彼得堡回响。十几本小册子使喧闹声更响了。沃波尔发表了他的争议版本；鲍斯威尔攻击沃波尔；德拉图尔夫人的《卢梭概要》称休谟为叛徒；伏尔泰给了他更多关于卢梭的错误和罪行的材料，关于他经常出没于“臭名昭著的地方”，以及关于他在瑞士的煽动活动。乔治三世“怀着强烈的好奇心关注着这场战斗”。
这场争论公开后，由于安德鲁·米勒等著名出版商的评论，沃波尔告诉休谟，像这样的争吵只会成为欧洲人的笑料。狄德罗对这一混乱局面持宽容的态度：“我很了解这两位哲学家。我可以为他们写一个剧本，让你哭一场，这样他们俩就都可以原谅了。”在与休谟的争论中，卢梭保持了公开的沉默；但他现在决定回法国去。为了鼓励他尽快这么做，特蕾莎建议他说，伍顿府的仆人试图毒死他。1767年5月22日，卢梭和特蕾莎从多佛出发前往加来。
在法国的格勒诺布尔
1767年5月22日，卢梭再次进入法国，尽管对他的逮捕令仍然有效。他取了一个假名，但被人认出来了，亚眠城为他举行了一个宴会。当时法国贵族给了他一处住所。最初，卢梭决定留在巴黎附近的米拉波庄园。随后，在1767年6月21日，他搬到了特里的康迪王子的城堡。
大约在这个时候，卢梭开始产生偏执、焦虑的感觉，并产生了反对他的阴谋。但在1768年1月29日，日内瓦剧院被烧毁，伏尔泰谎称卢梭是罪魁祸首。1768年6月，卢梭离开了特里，留下了特蕾莎，先去了里昂，后来又去了布尔岗。1768年8月30日，他邀请特蕾莎来到这个地方，并以他的化名“雷诺”(Renou)与她在布尔贡举行了一场假的民间婚礼。
1769年1月，卢梭和特蕾莎搬到格勒诺布尔附近的一个农舍里居住。他在这里练习植物学，完成了《忏悔录》。这时，他对把孩子送到孤儿院表示遗憾。1770年4月10日，卢梭和特蕾莎前往里昂，在那里他结识了织物设计师兼业余音乐家贺拉斯·科伊格内(Horace Coignet)。在卢梭的建议下，科伊格内为卢梭的散文诗《皮格马利翁》创作了音乐插曲；它与卢梭的浪漫小说《乡村预言家》一起在里昂演出，获得了公众的好评。6月8日，卢梭和特蕾莎离开里昂前往巴黎；他们于6月24日到达巴黎。
为了捍卫自己的声誉，卢梭在1765年开始写《忏悔录》。1770年11月，这本书完成了，虽然他当时不想出版，但他开始让大家阅读这本书的某些部分。在1770年12月到1771年5月之间，卢梭对他的书进行了至少四次集体阅读，最后一次阅读持续了17个小时。其中一场会议的目击者克劳德·约瑟夫·多拉特写道：
我原以为要上七八个小时的课；它持续了十四天或十五天. ...写作确实是一种天才、简单、坦率和勇敢的表现。有多少巨人变成了矮人！有多少默默无闻却有德行的人，凭一个正直人的证言，恢复了他们的权利，向恶人报仇！
1771年5月之后，不再有小组读书会了，因为德皮奈 (Louise d'Épinay)夫人写信给她的朋友警察局长，要求他停止卢梭的读书会，以保护她的隐私。警方传唤了卢梭，卢梭同意停止朗读。《忏悔录》在他死后于1782年出版。
同样在1772年，卢梭开始写《卢梭对话：让-雅克的法官》，这是他对批评的又一次回应。他在1776年完成了这本书。这本书的形式是两个人物之间的三段对话；一位法国人和卢梭就第三个人物，一个叫让-雅克的作家的优劣展开了争论。它被形容为他最难以读懂的作品；这本书的前言中，卢梭承认这本书可能是重复的和无序的，但他请求读者宽容，因为他需要在死之前捍卫自己的名誉。
最后的岁月
1766年，卢梭在从加来到多佛的海上航行中，在恶劣的天气里在甲板上呆了10个小时，而休谟却只能睡在自己的铺位上，这给他留下了深刻的印象。“当所有的水手几乎被冻死的时候……他没有受到伤害……他是我所认识的最健壮的人之一，”休谟说。
到了1770年，卢梭的泌尿系统疾病在他不再听从医生的建议后也得到了很大的缓解。达姆罗施指出，在那个时候，顺其自然往往比接受医疗程序更好。他的整体健康状况也有所改善。
然而，在1776年10月24日，当他走在巴黎的一条狭窄的街道上时，一辆贵族的马车从相反的方向疾驰而过；在马车的侧翼，是贵族的一条奔驰的大丹犬。卢梭无法躲避马车和狗，被大丹犬撞倒。他似乎受到了脑震荡和神经损伤。他的健康开始衰退；卢梭的朋友科朗塞(Corancez)描述了卢梭某些症状的出现，这表明卢梭在事故后开始遭受癫痫发作的折磨。
1777年，卢梭接待了一位皇室访客，当时神圣罗马帝国皇帝约瑟夫二世前来迎接他。现在他可以免费进入歌剧院了，他偶尔也会去。也是在这个时候(1777-1778年)，他创作了他最优秀的作品之一，《一个孤独行者的遐想》 (Reveries of a Solitary Walker)。
1778年春，吉拉尔丁侯爵邀请卢梭到他位于埃尔梅农维尔的城堡别墅居住。卢梭和特蕾莎于5月20日去了那里。卢梭收集植物标本，并教吉拉尔丁的儿子植物学。他从巴黎订购了关于草、苔藓和蘑菇的书籍，并计划完成他尚未完成的《爱弥儿和索菲》、《达芙妮和克洛伊》。
7月1日，一位访客评论说“人是邪恶的”，卢梭回答说“人是邪恶的，是的，但人是善良的”；晚上，城堡剧院有一场音乐会，卢梭在钢琴上演奏了他自己创作的《奥赛罗》中的《柳树歌》。同样在这一天，他和吉拉尔丁的家人一起吃了一顿丰盛的饭；第二天早上，当他正要去给吉拉尔丁的女儿教音乐时，他死于中风引起的脑出血。现在人们认为，卢梭中风的原因可能是多次摔倒，包括大丹犬的事故。
卢梭死后，格林、杰曼·德斯戴尔 (Germaine de Staël)等人散布了卢梭自杀的假消息；另一些流言说，卢梭死时精神失常。所有在他最后的日子里见过他的人都认为他此刻心情很平静。
1778年7月4日，卢梭被葬在白杨岛(Île des Peupliers)，这里成了他众多崇拜者的朝圣地。
法国先贤祠
1794年10月11日，他的遗体被转移到法国先贤祠(Panthéon)，被安置在伏尔泰的遗体附近。
